Autrefois église catholique, sa construction remonte au XIIIe siècle. Les Franciscains vont s'installer à Sélestat en 1280 et entreprennent la construction d'une église. La première partie à être construite est le chœur, qui date de 1281. À la fin de ce même siècle, la nef de l'église sera construite. Cette dernière et les collatéraux étaient plafonnés. La nef comprenait trois vaisseaux avec des arcades en arcs brisés qui retombaient sur des colonnes à chapiteaux non sculptés. Cette chapelle était consacrée à la Saint Vierge et aurait été élevée vers 1330. Vers 1430, les moines franciscains vont décider de construire un clocheton de forme hexagonal qui sera terminé par une flèche en pierre.
Après le départ des franciscains en 1522, le couvent ferme. L'église devient école, de meure de sages femmes ou encore un dépôt. La ville rend l'édifice aux Récollets qui occuperont le bâtiment jusqu'à la Révolution. Pendant cette période, il servit de dépôt à fourrage à l'armée avec des bâtiments annexes qui servaient de prisons, de salpêtrière et de caserne. Le couvent fut racheté par la ville en 1810 : elle était intacte, mais vide. Pendant quelques temps, le bâtiment servit de bibliothèque.
En 1878, le Conseil Municipal donna l'église aux protestants. Les anciens bâtiments des franciscains vont laisser la place à l'École du Centre. La nef de l'église est détruite ainsi que le chœur. L'église actuelle est inaugurée en 1881.
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