Nous avons ici une fontaine vauclusienne qui fonctionne de manière intermittente. En effet, le Frais-Puits est en quelque sorte le trop-plein d'un gigantesque réseau souterrain dont font partie la Fontaine de Champdamoy (source captée par la ville de Vesoul) et le gouffre de Cerre-les-Noroy. La Fontaine de Champdamoy est située à 2800m et le gouffre de Cerre-les-Noroy se trouve à 15 km.
Le Frais-Puits est un large entonnoir de 60m de diamètre avec une profondeur de 17m. En temps normal, l'eau ne s'écoule pas de cette résurgence. En revanche, le débit peut atteindre les 100m3/s, ce qui a pour effet de faire déborder le Durgeon à Vesoul.