Le socle rocheux du Roc de Chère est à la fois calcaire sur la partie droite du massif forestier (côté Talloires) et gréseux au pied de la forêt jeune, côté Menthon-Saint-Bernard.
Le Roc de Chère est sur une faille très originale entre deux couches géologiques qui façonnent l'aspect du paysage. Ainsi, le lézard vert et la garance affectionnent les milieux drainants et chauds sur le calcaire alors que la callune et les mares se forment sur le grès : un sol acide et imperméable.